Las obras terminaron en 1579. Se halla situada en lo que fue el arrabal norte de Baeza. Parte de la iglesia se hizo con restos de derribo del Alcázar. En el exterior destaca su portada principal, de estilo plateresco con arcos de medio punto decorados con arquivolta.

Muestra los escudos del obispo don Alonso Suárez de la Fuente del Sauce, y la figura de San Andrés. La torre del campanario es de planta cuadrada, rematada en cretería. El interior es de dos naves, de arcos apuntados, donde se hallan pintados los escudos de los infanzones que conquistaron Baeza. El retablo mayor alberga la imagen de la Patrona de la ciudad, Nuestra Señora del Alcázar, magnífica escultura gótica.