La Universidad fue fundada en 1538 por Bula del Papa Paulo III, aunque las obras de la fachada y la Capilla Mayor se terminaron en el s. XVII. Este edificio es un buen ejemplo del manierismo baezano, repitiéndose la típica estructura de los palacios renacentistas. Mantuvo su función de Universidad hasta 1824.


La portada principal es de arco de medio punto decorado con hojas de acanto. Las formas geométricas del friso triunfaron como modelo, y aparecen en otras casas coetáneas.

Sobre la clave aparece un medallón labrado en el s. XVIII que representa a la Santísima Trinidad
.El patio es de doble arcada, con arcos decorados con espejos o los escudos del patrono Fernández de Córdoba en sus enjutas.

Del interior destacan también el Paraninfo, con mobiliario y decoración dieciochesca,
y el Aula Machado, que recrea el lugar donde dio clase de francés desde 1912 a 1919 el poeta.
La capilla, dedicada a San Juan de Ávila, es de una sola nave, cubierta con bóveda de cañón. Lo más destacable de ella es su torre de cuatro cuerpos, con el campanario octogonal.